Povijest virusa seže u drugu polovicu 20. stoljeća. Međutim, točniji podaci se razlikuju: neki tvrde da su se prvi virusi pojavili 1960-ih, drugi tvrde da je to bila 1981. godina. Poanta je u tome što se točno može smatrati virusom.
Prvi pseudo-virusi
Ključna riječ u definiranju virusa je "zlonamjerni". Isti programi, koji se nazivaju prvim virusima, nisu nanijeli štetu računalu. Bila je to, na primjer, računalna igra "Životinja", koja se sastoji od pogađanja životinja i okupila je bezbroj obožavatelja. Autor igre umoran je od beskrajnih zahtjeva korisnika da im pošalju ovu igru (a 1974. to nije bio lak zadatak - bilo je potrebno snimiti igru na magnetsku vrpcu i poslati je poštom). Stoga je stvorio potprogram "Pervade", koji je samostalno "putovao" od računala do računala i na svakom od njih snimao igru "Životinja". Malo je vjerojatno da je barem jedno računalo patilo od ovog jednostavnog "iznenađenja".
Creeper, predstavljen početkom 1970-ih, bio je demo pogon na vlastiti pogon: kad je nova kopija Creepera pokrenuta na novom računalu, prethodna bi prestala raditi. A njezin je posao bio samo prikazati poruku "Ja sam Puzavac … uhvati me ako možeš." Kasnije je napisan program Reaper koji se također prebacio s računala na računalo i "lovio" Creepera, blokirajući ga.
Nešto dosadnije i slično pravom virusu bilo je čudovište Cookie. Ovaj je program na terminalu prikazao frazu "Daj mi kolačiće" i blokirao ga dok operater nije unio riječ "kolačić".
Pravi pionirski virusi
Smatra se da je jedan od pravih prvih virusa napisao 15-godišnji školarac Elk Cloner za osobna računala Apple II. To također nije utjecalo na rad računala, ali već bi moglo nenamjerno oštetiti diskove koji sadrže nestandardnu DOS sliku, prebrisati sigurnosne kopije, bez obzira na njihov sadržaj. Nakon svakog 50. pokretanja, virus je prikazao rimu u kojoj se kaže da je Elk Cloner program s osobnošću koji će "ući na sve vaše diskove, ući u sve vaše čipove, zalijepiti se za vas kao ljepilo i promijeniti vaš RAM".
Njegov suvremenik, Virus 1, 2, 3, bio je otprilike isti, iako se pojavio neovisno od Clonera. Oba virusa stvorena su 1981. godine.
Ubrzo je započela era istinski zlonamjernih virusa koji su se "maskirali" u korisne programe i uništili korisničke podatke. Fred Cohen čak je napisao članak o datotečnim virusima - prvo akademsko istraživanje na tu temu. Cohen se smatra autorom izraza "virus", iako je taj izraz predložio njegov znanstveni savjetnik.
